Своим названием церковь обязана важнейшему для православных христиан событию – крещению Иисуса Христа.
Деревянное здание церкви дважды уничтожалось страшными пожарами – в 1703 и 1748 годах. В 1763 году возвели каменную постройку.
Главной «достопримечательностью» Богоявленской церкви тех времен была деревянная статуя Христа в темнице. Скульптура не отличалось высокой художественностью исполнения, но заслужила свою славу тем, что была чрезвычайной редкостью для церковных приходов.
В 1930-х годах здание Богоявленской церкви было передано промышленному комбинату. Теперь здесь располагались швейные цеха. Затем был проект переделки церкви в фильмохранилище, но со временем необходимость в нем, видимо, отпала – в здании продолжали шить вплоть до 1980-го года.
В распоряжение религиозной общины церковь поступила в плачевном состоянии – многие ее части были разрушены. Сейчас ведутся восстановительные работы. Формально Богоявленская церковь находится в статусе часовни и прикреплена к Покровскому храму.