Проект церкви в стиле ампир был разработан губернским архитектором Ф. К. Древицом. 12 сентября 1819 году состоялось освящение вновь построенного здания пастором из Рибенсдорфа Оллендорфом.

В 1854 году здание было перестроено, а в 1869, 1882 и 1897 годах здесь был проведён капитальный ремонт.

В деятельности общины активное участие принимала семья Столлей (городовой врач Герман Фридрихович Столль в течение 30 лет был председателем совета кирхи). На средства семьи при приходе была организована богадельня — «Столлевское убежище».

В 1938 году община была ликвидирована. В тот же период в здании был арестован баптистский проповедник, который впоследствии был расстрелян. С 1943 года здание использовалось Горэлектросетью.

В 2008 году здание было передано лютеранской общине, входящей в Евангельско-Лютеранскую церковь, и 20 апреля 2008 года освящено пастором общины Анатолием Малаховым и представителем ЕЛЦАИ Константином Андреевым. В здании проведён ремонт, и оно используется для проведения регулярных евангелических богослужений.

В 2015 году настоятель храма, священник Анатолий Малахов, был рукоположен в епископы Южного церковного округа ЕЛЦАИ. Кирха Святой Марии Магдалины получила статус кафедрального собора.

Фото: Антон Позднухов